人类微生物群系（Human microbiome）又称为正常菌群（Normal Flora）是某些微生物与宿主在长期的进化过程中形成共生关係，对生物体无害的一类细菌。
人类被许多微生物定殖；最近的估计是约37兆。殖民于人类的一些微生物群是共生性的，意味着它们共存而不伤害人类；其他微生物群与它们的人类宿主具有互惠关系：
A, 拮抗作用：正常菌群在生物体的特定部位生长后，对其他的菌群有生物拮抗的作用。产生这种生物屏障的往往是一些厌氧菌。正常菌群通过紧密与黏膜上皮细胞接触来佔领位置，由于在这些部位数量很大，在营养竞争中处于优势，并通过自身代谢来改变环境的pH值或释放抗生素，来抑制外来菌的生长。
B. 营养作用：正常菌群的存在影响着生物体的物质代谢与转化。如蛋白质、碳水化合物、脂肪及维生素的合成，胆汁的代谢、胆固醇的代谢及激素转化都有正常菌群的参与。
C, 免疫作用：正常菌群的抗源刺激可以使宿主产生免疫，从而减少了本身的危害。已有实验表明，某些诱发的自体免疫过程具有抑制变异细胞病变作用。
如果正常菌群的平衡遭到破坏，已有实验证明许多慢性疾病都会接踵而来：肥胖、代谢综合症、免疫失调综合症等等。
我们瑞士营养方桉，除了每天补充菌群中最为重要的双歧杆菌以及乳酸菌之外，所採用的蔬果营养素也富含大量的益生元，为人体的菌群平衡创造最佳条件。